独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律の施行に伴う関係政令の整備及び経過措置に関する政令

独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日前に整備法附則第四条第三項に規定する施行日前の研究機構等を退職した者に関する国家公務員退職手当法施行令第十条の規定の適用については、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の、独立行政法人水産総合研究センター及び独立行政法人さけ・ます資源管理センターを退職した者にあっては独立行政法人水産総合研究センターの、独立行政法人種苗管理センターを退職した者にあっては独立行政法人種苗管理センターの、独立行政法人家畜改良センターを退職した者にあっては独立行政法人家畜改良センターの、独立行政法人林木育種センターを退職した者にあっては独立行政法人林木育種センターの、独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては独立行政法人水産大学校の、独立行政法人農業生物資源研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業生物資源研究所の、独立行政法人農業環境技術研究所を退職した者にあっては独立行政法人農業環境技術研究所の、独立行政法人国際農林水産業研究センターを退職した者にあっては独立行政法人国際農林水産業研究センターの、独立行政法人森林総合研究所を退職した者にあっては独立行政法人森林総合研究所の事務所は、当該退職した者が所属していた独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第二項に規定する特定独立行政法人の事務所とみなす。

整備法附則第八条第八項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構が行う積立金の処分については、第十四条の規定による改正前の独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（この条及び第二十八条において「旧令」という。）第五条から第八条まで及び別表の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、旧令第五条第一項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「整備法」という。）附則第八条第八項の規定により独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が積立金の処分を行うものとされている独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業工学研究所及び独立行政法人食品総合研究所（次条第一項において「農業者大学校等」という。）については、研究機構」と、「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「研究機構の平成十八年四月一日に始まる」と、「当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日」とあるのは「同年六月三十日」と、旧令第六条第一項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、農業者大学校等については、研究機構」と、「当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日」とあるのは「平成十八年六月三十日」と、旧令第七条中「期間最後の事業年度の次の事業年度の七月十日」とあるのは「平成十八年七月十日」と、旧令別表独立行政法人農業者大学校の項中「独立行政法人農業者大学校法」とあるのは「整備法附則第八条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業者大学校法」と、同表独立行政法人農業工学研究所の項中「独立行政法人農業工学研究所法」とあるのは「整備法附則第八条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人農業工学研究所法」と、同表独立行政法人食品総合研究所の項中「独立行政法人食品総合研究所法」とあるのは「整備法附則第八条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される整備法附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人食品総合研究所法」とする。

整備法附則第十三条第一項の政令で指定する日は、平成二十八年三月三十一日とする。

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法施行令（平成十五年政令第三百八十九号。以下この条において「機構法施行令」という。）第二条及び第七条の規定は、整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務勘定について準用する。 この場合において、機構法施行令第二条中「法第十六条第三項」とあるのは、「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第十三条第六項において準用する法第十六条第三項」と読み替えるものとする。

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構が整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務を行う場合には、機構法施行令第三条第一項中「同条第四項」とあるのは「同条第四項及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「整備法」という。）附則第十三条第六項」と、「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」と、同条第二項中「又は第三号に掲げる業務」とあるのは「若しくは第三号に掲げる業務又は整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務」と、機構法施行令第四条第一項中「同条第四項」とあるのは「同条第四項及び整備法附則第十三条第六項」と、機構法施行令第六条中「に係る勘定」とあるのは「に係る勘定及び整備法附則第十三条第四項に規定する特例業務勘定」とする。

整備法附則第十六条第八項の規定により独立行政法人水産総合研究センターが行う積立金の処分については、旧令第五条から第八条まで及び別表の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、旧令第五条第一項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「整備法」という。）附則第十六条第八項の規定により独立行政法人水産総合研究センター（以下「水産総合研究センター」という。）が積立金の処分を行うものとされている独立行政法人さけ・ます資源管理センター（次条第一項において単に「さけ・ます資源管理センター」という。）については、水産総合研究センター」と、「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「水産総合研究センターの平成十八年四月一日に始まる」と、「当該次の中期目標の期間の最初の事業年度の六月三十日」とあるのは「同年六月三十日」と、旧令第六条第一項中「独立行政法人」とあるのは「独立行政法人のうち、さけ・ます資源管理センターについては、水産総合研究センター」と、「当該期間最後の事業年度の次の事業年度の六月三十日」とあるのは「平成十八年六月三十日」と、旧令第七条中「期間最後の事業年度の次の事業年度の七月十日」とあるのは「平成十八年七月十日」と、旧令別表独立行政法人さけ・ます資源管理センターの項中「独立行政法人さけ・ます資源管理センター法」とあるのは「整備法附則第十六条第八項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される同法附則第二十一条の規定による廃止前の独立行政法人さけ・ます資源管理センター法」とする。