法第二十三条の国土交通省令で定める方法は、一般競争入札の方法に準じた方法とする。 ただし、次に掲げる場合には、随意契約による方法とすることができる。
一 契約が、国又は事業者に、公共用、公用又は公益事業の用に供するため必要な土地を譲渡することを目的とする場合
二 契約が、地方公共団体に土地を譲渡することを目的とする場合（当該地方公共団体が当該土地の全部又は一部を法人（その総株主の議決権又は出資金額若しくは出えんされた金額の二分の一を超える数又は金額が地方公共団体により所有され、又は出資若しくは出えんをされている法人に限る。）に貸し付ける場合を含む。）であって、当該土地が主として公共用、公用又は公益事業の用に供されるものであるとき。
三 契約が、地方公共団体に土地を譲渡することを目的とする場合（当該地方公共団体が当該土地の全部又は一部を公益事業を経営する者に貸し付ける場合を含む。）であって、当該土地が公益事業の用に供されるものであるとき。
四 契約が、公法人（地方公共団体を除く。）に土地を譲渡することを目的とする場合であって、当該土地が主として公共用、公用又は公益事業の用に供されるものであるとき。
五 契約が、機構が主として住宅の用に供するため造成した土地をあらかじめ公示した価格をもって公正な方法で選考された者に譲渡すること（主として住宅の用に供する施設を整備した土地にあっては、当該施設と併せてあらかじめ公示した価格をもって公正な方法で選考された者に譲渡すること）を目的とする場合
六 契約が、法第二十一条第一項の規定により機構が投資した事業（法附則第九条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法（昭和六十一年法律第九十号。次号において「旧事業団法」という。）第二十七条第一項の規定により日本国有鉄道清算事業団（次号において「事業団」という。）が投資した事業及び独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）附則第十六条の規定による改正前の法（次号において「改正前債務等処理法」という。）第二十一条第一項の規定により日本鉄道建設公団（次号において「公団」という。）が投資した事業を含む。）であって日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律施行令（平成十年政令第三百三十五号。次号において「令」という。）第六条第三号に掲げるものを経営する者にその投資の目的を達成するため必要な土地を貸し付けることを目的とする場合
七 契約が、土地の効果的な処分を推進するための特定の方法による処分を実施するため、前号の規定により機構が土地を貸し付けた者（附則第二条の規定による廃止前の日本国有鉄道清算事業団法施行規則（昭和六十二年運輸省令第二十二号）第六条第一項第六号の規定により事業団が土地を貸し付けた者及び独立行政法人の設立に伴う関係省令の整備に関する省令（平成十五年国土交通省令第百九号）第二十六条の規定による改正前の第五条第一項第六号の規定により公団が土地を貸し付けた者を含む。）（令第六条第一号及び第三号に掲げる事業を併せて経営する者であって、法第二十一条第一項の規定により機構がこれらの事業に投資したもの（旧事業団法第二十七条第一項の規定により事業団がこれらの事業に投資したもの及び改正前債務等処理法第二十一条第一項の規定により公団がこれらの事業に投資したものを含む。）に限る。）に当該貸付けに係る土地を譲渡することを目的とする場合
八 契約が、土地の貸付けを目的とする場合であって、その内容が法第十三条第一項及び第二項に規定する業務の確実かつ円滑な実施を妨げないものであり、かつ、その貸付期間が一年を超えないとき。
九 契約が、法第二十五条の規定により土地を無償で貸し付けることを目的とする場合
十 契約が、土地を信託し、併せて当該信託の受益権の販売を委託することを目的とする場合
十一 契約が、前号の信託の受益権をあらかじめ公示した価格をもって譲渡することを目的とする場合
十二 契約が、土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）第八条第一項に規定する起業者に同法第十六条に規定する事業の認定を受けた事業の用に供するため必要な土地を処分し、又は同法第百六条第一項に規定する買受権者に当該買受権に係る土地を譲渡することを目的とする場合
十三 契約が、民事調停法（昭和二十六年法律第二百二十二号）による調停に基づくものであり、又は民事訴訟法（平成八年法律第百九号）による和解である場合
十四 一般競争入札の方法に準じた方法により公告を行っても入札者がない場合であって予定価格以上の価格で契約を締結するとき。
十五 再度の入札に付しても落札者がない場合であって予定価格以上の価格で契約を締結するとき。
十六 落札者が契約を結ばない場合であって落札金額以上の価格で契約を締結するとき。
十七 契約が、土地の譲渡を目的とする場合であって、その予定価格が三百万円を超えないとき。
十八 一般競争入札の方法に準じた方法によることが不利である場合
機構は、前項ただし書の規定により土地の処分に関する契約の締結を随意契約により行おうとする場合においても、同項第九号に掲げる場合その他契約の目的に照らしやむを得ない特別の事由がある場合を除き、当該土地の時価を基準とした価額によらなければならない。
機構は、法附則第五条第二項の規定による認可を受けようとするときは、次の各号に掲げる業務の区分に応じ、当該各号に定める事項を記載した書類を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 法附則第五条第一項第一号に規定する助成金の交付の業務 次に掲げる事項 イ 交付先 ロ 次に掲げる鉄道施設等（法附則第五条第一項第一号に規定する鉄道施設等をいう。以下この号において同じ。）の整備の別を明らかにした助成金の使途 （１） 北海道旅客鉄道株式会社の輸送の安全の確立のための鉄道施設等の整備（当該会社又は鉄道施設等を当該会社に貸し付ける者が行うものであって、国土交通大臣が告示で定めるものに限る。） （２） 老朽化した鉄道施設等の更新その他旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第三項に規定する会社（次条第一項第二号及び附則第七条第三号において「会社」という。）の経営基盤の強化に必要な鉄道施設等の整備（（１）に掲げるものを除く。） ハ 助成金の額 ニ 助成金交付予定期日 ホ その他必要な事項
二 法附則第五条第一項第二号に規定する資金の出資の業務 次に掲げる事項 イ 出資先 ロ 出資金の使途 ハ 出資金の額 ニ 出資予定期日 ホ その他必要な事項
三 法附則第五条第一項第三号に規定する債権の出資の業務 次に掲げる事項 イ 出資先 ロ 出資する債権の内容及び価額 ハ 出資予定期日 ニ その他必要な事項
機構は、前項第一号（イを除く。）、第二号ロ若しくはホ又は第三号ニに掲げる事項について変更しようとするときは、当該変更の理由及び内容を明らかにした書類を国土交通大臣に提出してその認可を受けなければならない。
国土交通大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、財務大臣と協議するものとする。