機構は、運輸省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した新幹線鉄道施設譲渡計画を定め、運輸大臣の認可を受けなければならない。
一 各旅客鉄道株式会社に対する新幹線鉄道施設の譲渡の実施時期
二 各旅客鉄道株式会社に対し譲渡する新幹線鉄道施設の範囲
三 各旅客鉄道株式会社に対する新幹線鉄道施設の譲渡価額
四 各旅客鉄道株式会社による新幹線鉄道施設の対価の支払方法
新幹線鉄道施設譲渡計画は、次の各号に適合するように定めなければならない。
一 前項第一号に掲げる事項については、各旅客鉄道株式会社に対する新幹線鉄道施設の譲渡が同時に実施されるように期日が設定されているものであること。
二 前項第二号に掲げる事項については、新幹線鉄道保有機構法（昭和六十一年法律第八十九号）第二十一条第一項の規定により各旅客鉄道株式会社に対し貸し付けることとされている新幹線鉄道施設の範囲を基準とするものであること。
三 前項第三号に掲げる事項については、機構の保有するすべての新幹線鉄道施設の再調達価額（新幹線鉄道施設を当該譲渡の際に新たに取得するものとした場合において見込まれる価額として運輸省令で定める方法により算定される価額をいう。以下同じ。）として機構が決定する価額を、各旅客鉄道株式会社における新幹線鉄道（新幹線鉄道保有機構法第二条第一項に規定する新幹線鉄道をいう。）に係る旅客鉄道事業に係る経営基盤の均衡化及び新幹線鉄道施設に係る利用者の負担の適正化を図る観点から、各旅客鉄道株式会社における当該旅客鉄道事業の収益及び費用の見通し、各旅客鉄道株式会社に対し譲渡される新幹線鉄道施設の再調達価額等を勘案して運輸大臣が各旅客鉄道株式会社ごとに定める割合により配分した額を基準とするものであること。
四 前項第四号に掲げる事項については、政令で定める半年賦支払の方法を基準とするものであること。
運輸大臣は、第一項の認可をしようとするとき及び前項第三号の割合を定めようとするときは、各旅客鉄道株式会社の意見を聴くとともに、大蔵大臣に協議しなければならない。
機構の平成三年四月一日に始まる事業年度は、その解散の日の前日に終わるものとする。
機構の平成三年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書（以下この項において「財務諸表」という。）については、なお従前の例による。 この場合において、当該財務諸表の提出の期限は、当該事業年度の終了後六月以内とする。
機構の平成三年四月一日に始まる事業年度における新幹線鉄道保有機構法第二十一条第一項の規定による貸付けに係る貸付料の年額は、同法第二十三条第一項及び附則第十四条第一項の規定にかかわらず、同条第二項及び第三項の基準に適合するように定められた当該貸付料の年額に政令で定める割合を乗じて得た額を基準として定めるものとする。
新幹線鉄道保有機構法第二十一条第二項の規定は前項の規定による貸付料の年額について、同法第四十条の規定はこの項において準用する同法第二十一条第二項の規定による認可について、同法第四十三条の規定は当該認可に係る違反行為をした機構の役員又は職員について準用する。
第二条の規定による新幹線鉄道施設の譲渡に関する新幹線鉄道保有機構法第三十四条第一項の規定の適用については、同項中「第二十一条第一項」とあるのは、「新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律第二条の規定による場合を除き、第二十一条第一項」とする。
第二条の規定により機構が旅客鉄道株式会社に対し譲渡する新幹線鉄道施設に係る土地については、日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号。次条において「施行法」という。）第三十二条の規定は、適用しない。