独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令

独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（同条第一項ただし書又は第二項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他国土交通大臣が定める財産とする。

この省令は、公布の日から施行する。

この省令は、公布の日から施行する。 ただし、次条及び附則第三条の規定は、平成十六年四月一日から施行する。

この省令は、公布の日から施行する。

この省令は、海上物流の基盤強化のための港湾法等の一部を改正する法律附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日から施行する。

この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。

この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。

この省令は、公布の日から施行する。

この省令は、持続可能な運送サービスの提供の確保に資する取組を推進するための地域公共交通の活性化及び再生に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和二年十一月二十七日）から施行する。

この省令は、令和三年四月一日から施行する。

この省令は、令和六年四月一日から施行する。

機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。 この場合において、役員（監事を除く。以下同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。

一 機構の役員及び職員

二 機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人

三 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者

前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。

監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。

監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

一 監事の監査の方法及びその内容

二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見

三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見

四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実

五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由

六 監査報告を作成した日

法附則第十一条第一項、第三項及び第五項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第四条各号に掲げる事項に加え、次に掲げる事項を業務方法書に記載するものとする。

一 法附則第十一条第一項第一号に規定する助成金の交付に関する事項

二 法附則第十一条第一項第二号に規定する船舶の使用及び譲渡に関する事項

三 法附則第十一条第一項第三号に規定する資金の貸付けに関する事項

四 法附則第十一条第一項第四号に規定する資金の貸付けに関する事項

五 法附則第十一条第一項第五号に規定する資金の貸付けに関する事項

六 法附則第十一条第一項第六号に規定する長期借入金の借入れに関する事項

七 法附則第十一条第一項第七号に規定する長期借入金の償還及び当該長期借入金に係る利子の支払に関する事項

八 法附則第十一条第三項に規定する権利及び義務の承継に伴い必要となる業務に関する事項

九 法附則第十一条第五項に規定する協定、貸付契約及び保証契約に係る事業団の業務に関する事項

法附則第十一条第一項、第三項及び第五項の規定によりこれらの規定に規定する業務が行われる場合には、第九条第一項第一号中「法第十七条第一項第一号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第一号に掲げる業務並びに法附則第十一条第一項第一号に掲げる業務及びこれに附帯する業務」と、同項第二号中「法第十七条第一項第二号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第二号に掲げる業務、法附則第十一条第一項第二号に掲げる業務及びこれに附帯する業務並びに同条第五項に規定する業務のうち貸付契約及び保証契約に係る業務」と、同項第三号中「法第十七条第一項第三号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第三号に掲げる業務並びに法附則第十一条第一項第三号に掲げる業務及びこれに附帯する業務」と、同項第四号中「法第十七条第一項第四号に掲げる業務」とあるのは「法第十七条第一項第四号に掲げる業務並びに法附則第十一条第一項第四号から第七号までに掲げる業務及びこれらに附帯する業務、同条第三項に規定する業務並びに同条第五項に規定する業務のうち協定に係る業務」と、同条第二項第一号中「限る。）」とあるのは「限る。）並びに法附則第十一条第一項第一号に掲げる業務及びこれに附帯する業務」とする。

前項の規定により読み替えて適用される第九条第一項第三号に掲げる業務に係る勘定は、内訳として、次に掲げる業務に係る各経理単位に区分するものとする。

一 法第十七条第一項第三号に掲げる業務

二 法附則第十一条第一項第三号に掲げる業務及びこれに附帯する業務

第二項の規定により読み替えて適用される第九条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定は、内訳として、次に掲げる業務に係る各経理単位に区分するものとする。 この場合において、第一号から第三号までに掲げる業務に関する管理費は、第四号に掲げる業務に係る経理単位において経理するものとする。

一 法第十七条第一項第四号に掲げる業務、法附則第十一条第一項第五号に掲げる業務及びこれに附帯する業務並びに同条第五項に規定する業務のうち協定に係る業務

二 法附則第十一条第一項第四号に掲げる業務

三 法附則第十一条第三項の業務のうち法第十七条第四項第三号に規定する特定債務の償還等に係るもの（法附則第三条第十一項の規定による繰入れを含む。）

四 法附則第十一条第三項の業務のうち前号に掲げる業務以外のもの

法附則第十一条第四項の規定により機構が行う同項に規定する事業については、附則第八条の規定による廃止前の日本鉄道建設公団法施行規則（昭和三十九年運輸省令第二十六号。以下「旧公団法施行規則」という。）第五条及び第五条の二の規定は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。 この場合において、旧公団法施行規則第五条中「法」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）附則第十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる日本鉄道建設公団法（昭和三十九年法律第三号。以下「旧公団法」という。）」と、「鉄道事業者又は軌道経営者」とあるのは「鉄道事業者」と、同条第六号中「貸付け、譲渡又は引渡し」とあるのは「貸付け又は譲渡」と、旧公団法施行規則第五条の二中「法」とあるのは「旧公団法」と、「公団」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と、「鉄道施設又は軌道施設」とあるのは「鉄道施設」と、同条第一号中「鉄道事業者又は軌道経営者」とあるのは「鉄道事業者」とする。

法附則第十一条第五項の規定により機構が行う業務については、附則第八条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法施行規則（平成九年運輸省令第五十五号。以下「旧事業団法施行規則」という。）第五条から第七条までの規定は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。 この場合において、旧事業団法施行規則第五条中「法第二十条第一項第八号ロ」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）附則第十一条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号。以下「旧事業団法」という。）第二十条第一項第八号ロ」と、旧事業団法施行規則第六条中「法第二十条第一項第九号ハ」とあるのは「旧事業団法第二十条第一項第九号ハ」と、旧事業団法施行規則第七条中「法第二十条第七項第四号」とあるのは「旧事業団法第二十条第七項第四号」と、同条第一号中「法第二十条第七項第一号」とあるのは「旧事業団法第二十条第七項第一号」と、同条第二号中「運輸施設整備事業団（以下「事業団」という。）」とあるのは「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法附則第三条第一項の規定による解散前の運輸施設整備事業団」と、同条第三号及び第四号中「法第二十条第七項第二号」とあるのは「旧事業団法第二十条第七項第二号」とする。

この省令による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令第九条第一項及び第三項並びに附則第二条第三項の規定は、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構の平成十八年四月一日に始まる事業年度に係る経理から適用する。

改正法附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの規定中「当該事業年度における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「当該事業年度における業務の実績（当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下「旧通則法」という。）」と、「第二十九条第二項第二号に」とあるのは「第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「結果（当該項目が通則法」とあるのは「結果（当該項目が旧通則法」と、「期間における業務の実績（当該項目が通則法」とあるのは「期間における業務の実績（当該項目が旧通則法」とする。

一から五まで 略

六 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令第七条の二第一項

この省令による改正後の規定の平成三十一年四月一日前に開始する事業年度における適用については、なお従前の例による。

機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。

一 法第十三条第一項第一号に規定する鉄道施設の建設に関する事項

二 法第十三条第一項第二号に規定する調査に関する事項

三 法第十三条第一項第三号に規定する鉄道施設の貸付け又は譲渡に関する事項

四 法第十三条第一項第四号に規定する災害復旧工事に関する事項

五 法第十三条第一項第五号に規定する鉄道施設又は軌道施設の建設及び大改良に関する事項

六 法第十三条第一項第六号に規定する鉄道施設又は軌道施設の貸付け又は譲渡に関する事項

七 法第十三条第一項第七号に規定する船舶の建造、使用及び譲渡に関する事項

八 法第十三条第一項第八号に規定する技術的援助に関する事項

九 法第十三条第一項第九号に規定する地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十九条の二第一項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）に規定する業務に関する事項

十 法第十三条第一項第十号に規定する物資の流通の効率化に関する法律第二十三条第一項に規定する業務に関する事項

十一 法第十三条第二項第一号から第三号までに規定する補助金等の交付に関する事項

十二 法第十三条第三項に規定する海外社会資本事業への我が国事業者の参入の促進に関する法律第四条第一項に規定する業務に関する事項

十三 法第十三条第四項第一号に規定する施設の建設及び管理に関する事項

十四 法第十三条第四項第二号に規定する工事並びに調査、測量、設計、試験及び研究に関する事項

十五 法第十五条第一項に規定する業務の委託に関する事項

十六 業務の委託に関する基準

十七 競争入札その他契約に関する事項

十八 その他業務の執行に関して必要な事項

建設勘定において、債務等処理法附則第八条第一項の規定により平成二十三事業年度において債務等処理法第二十七条第一項に規定する特例業務勘定（以下この条において単に「特例業務勘定」という。）から繰入金を受け入れた場合には、貸借対照表の負債の部に特例業務勘定繰入金見返負債の勘定科目を設けて、同科目に当該繰入金の額に相当する金額を計上するものとする。

前項の繰入金をもって新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設に関する事業に係る借入れに係る債務の償還を行ったときは、当該債務の償還額に相当する金額を、特例業務勘定繰入金見返負債に計上した金額から減額し、繰延収益（新幹線資産）として貸借対照表の負債の部に計上するものとする。

第一項の繰入金をもって新幹線鉄道に係る鉄道施設の建設に関する事業に係る借入れに係る債務に係る利子の支払を行ったときは、当該利子の支払額に相当する金額を、特例業務勘定繰入金見返負債に計上した金額から減額し、特例業務勘定繰入金見返負債戻入として損益計算書の収益に計上するものとする。

日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律施行規則（平成十年運輸省令第七十号）附則第八条の規定により建設勘定から特例業務勘定に繰入れ（債務等処理法附則第八条第一項の規定による繰入金に係る剰余額に係るものに限る。）を行った場合には、当該繰入金の額に相当する金額を、特例業務勘定繰入金見返負債に計上した金額から減額するものとする。

この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。

一から十まで 略

十一 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に関する省令第十三条の二第三項

機構に係る通則法第三十一条第一項の年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。

機構は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を国土交通大臣に提出しなければならない。

法の施行の日前に次の表の第一欄に掲げる法令の規定により法附則第二条第一項の規定による解散前の日本鉄道建設公団（以下「公団」という。）又は事業団が同表の第二欄に掲げる者に対してした届出、申請又は通知は、それぞれ、同表の第三欄に掲げる法令の規定により機構が同表第二欄に掲げる者に対してした届出、申請又は通知とみなす。

法の施行の日前に次の表の上欄に掲げる法令の規定により公団がした行為若しくは占用（日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備に関する政令（平成二十三年政令第二百二十号）第一条の規定による改正前の日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律施行令（平成十年政令第三百三十五号）附則第三条の規定により公団に係る行為又は占用とみなされた旧日本国有鉄道清算事業団に係る行為又は占用を含む。）又は事業団がした行為若しくは占用は、それぞれ、同表の下欄に掲げる法令の規定により機構がした行為又は占用とみなす。

法の施行の日前に次の表の上欄に掲げる法令の規定により同表の下欄に掲げる者が公団又は事業団に対してした許可、承認その他の行為は、それぞれ、同表の上欄に掲げる法令の規定により同表の下欄に掲げる者が機構に対してした許可、承認その他の行為とみなす。

機構は、次に掲げる業務ごとに経理を区分し、それぞれ勘定を設けて経理するものとする。

一 法第十七条第一項第一号に掲げる業務

二 法第十七条第一項第二号に掲げる業務

三 法第十七条第一項第三号に掲げる業務

四 法第十七条第一項第四号に掲げる業務

前項第一号に掲げる業務に係る勘定（以下「建設勘定」という。）は、内訳として、次に掲げる業務に係る各経理単位に区分するものとする。

一 法第十三条第一項第一号及び第三号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（これらの業務のうち次に掲げる繰入金の繰入れ又は交付金の交付を受けて建設される鉄道施設に係るものに限る。） イ 法第十七条第三項の規定により同項第一号に掲げる事業に要する費用の一部に充てるため建設勘定に繰り入れられた繰入金 ロ 法附則第十四条の規定による廃止前の運輸施設整備事業団法（平成九年法律第八十三号。以下「旧事業団法」という。）第二十条第一項第一号の交付金 ハ 新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律（平成三年法律第四十五号）附則第二条の規定による廃止前の新幹線鉄道保有機構法（昭和六十一年法律第八十九号）附則第十三条第一項の交付金 ニ 旧事業団法附則第十五条の規定による廃止前の鉄道整備基金法（平成三年法律第四十六号。以下「旧基金法」という。）第二十条第一項第一号の交付金

二 法第十三条第一項第五号及び第六号に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（これらの業務のうち旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（昭和六十一年法律第八十八号）第一条第一項に規定する旅客会社（以下「旅客会社」という。）及び日本貨物鉄道株式会社（以下「貨物会社」という。）以外の鉄道事業者又は軌道経営者の鉄道又は軌道に係るもの（旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の施行に伴う経過措置を定める政令（平成十三年政令第三百四十五号）第一条に規定する鉄道施設に係るものを除く。）に限る。）

三 前二号に掲げる業務以外の業務

機構は、第一項の規定により区分して経理する場合において、経理すべき事項が当該区分に係る勘定以外の勘定によって経理すべき事項と共通の事項であるため、当該勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、国土交通大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して経理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより経理することができる。

第一項各号に掲げる業務に係る勘定相互間における資金の融通（短期のものに限る。）は、融通をする勘定からその融通を受ける勘定への貸付けとして整理するものとする。

この省令の施行の際現に事業団が所有する船舶の船舶原簿に登録されている事項及び船舶国籍証書に記載されている事項のうち所有者の氏名又は名称に係る部分については、「運輸施設整備事業団」とあるのは、この省令の施行の日に「独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構」と変更されたものとみなす。

通則法第三十九条第一項後段の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。 ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。

一 機構の役員及び職員

二 機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人

三 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者

会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。

一 会計監査人の監査の方法及びその内容

二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ 無限定適正意見 監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨 ロ 除外事項を付した限定付適正意見 監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項 ハ 不適正意見 監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由

三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由

四 第二号の意見がある場合は、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容

五 追記情報

六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告

七 会計監査報告を作成した日

前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。

一 会計方針の変更

二 重要な偶発事象

三 重要な後発事象

機構は、法第二十一条の規定による認可を受けようとするときは、通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した償還計画を国土交通大臣に提出しなければならない。 ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。

一 長期借入金（第三号に掲げるものを除く。）の総額並びに当該事業年度における借入見込額及びその借入先

二 鉄道建設・運輸施設整備支援機構債券の総額並びに当該事業年度における発行見込額及び発行の方法

三 次に掲げる債務の額 イ 旧事業団法附則第七条第一項の規定により同項の規定による解散前の鉄道整備基金（以下「基金」という。）から法附則第三条第一項の規定による解散前の運輸施設整備事業団（以下「事業団」という。）が承継し、さらに、法附則第三条第一項の規定により機構が承継した債務（以下「承継債務」という。）のうち旧基金法附則第四条第五項に規定する日本国有鉄道の長期借入金に係るもの ロ 承継債務のうち新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律第五条第一項の規定による解散前の新幹線鉄道保有機構の長期借入金に係るもの ハ 承継債務のうち新幹線鉄道保有機構債券に係るもの ニ 承継債務のうち基金の長期借入金に係るもの ホ 承継債務のうち鉄道整備基金債券に係るもの ヘ 承継債務のうち事業団の長期借入金に係るもの ト 承継債務のうち運輸施設整備事業団債券に係るもの

四 法附則第三条第十一項の規定により繰り入れるべき金額

五 前四号に掲げる債務の償還の方法及び期限

六 その他必要な事項